闯王大军入城。曹化淳开彰义门，带领三百多名太监恭迎闯王。袁承志安排各路人马接应闯王。天下大事初定。袁承志自己只身再次入宫刺杀崇祯，不想宫内遍寻崇祯与阿九不获。抓住个下太监一问，原来崇祯竟然逃出宫去了，袁承志急忙去追。崇祯换上普通人衣帽，带着一些持兵器的武阉在四城乱撞，却无法找到一条求生之路，于是遣散宦官，自己只身又回到了宫中，他再次敲响了景阳宫的大钟，却没有一个官员前来报到。
袁承志没有找到崇祯，惦念阿九，又回到宫中。此时的崇祯已经疯狂，周皇后上吊，崇祯连连叫好，随即又亲手砍杀了几个嫔妃，而赶来的女儿阿九不愿离开宫时，崇祯猜到阿九是在等袁承志，崇祯骗过金蛇剑，一剑砍断了阿九的左臂。 袁承志于此时赶到，救下阿九，他出手要杀崇祯，崇祯闭目待死，阿九大叫了一声“不要!”但是袁承志却在此时理解了崇祯的悲哀心境，因为这个人已经死了，他做了十七年的皇帝，却没有过过一天快乐的日子。
崇祯此时但求一死，他告诉袁承志，自己杀袁崇焕的时候只有十九岁，比袁承志现在还小，他要做中兴之主，却成了亡国之君，自己没有面目去见列祖列宗，袁承志却说，也许你的列祖列宗没脸见你。于是，袁承志放过崇祯，他抱了阿九，走出宫去。此时四野寂寂，袁承志心中百感交集，望着怀中的断臂的阿九，只想大哭一场!崇祯与太监王承恩自缢于煤山…… 回到正条子胡同。此时的山宗旧部看到断臂的阿九，联想到她国破家亡的身世，不免对阿九有了难得的宽容。但是青青看到袁承志抱回阿九，反应十分强烈……因为袁承志不但没有杀崇祯，且还将阿九带了回来!虽说阿九身世堪怜，得到了大家的同情，青青不得不忍下心中不快，但袁承志忙于大事，也忽略了对青青的关心。 闯王登基，封袁承志为三品果毅将军。论功行赏。封崇祯太子为宋王。
与此同时，袁承志和李岩两人在北京街头见到许多百姓遭到闯军的劫掠，许多是刘宗敏的部下，但是这些人仗着刘宗敏的权势，根本不把二人放在眼里，袁承志勃然大怒，出手惩戒，这才让这些人有所收敛，只是人数太多，让李岩、袁承志二人抓不胜抓，只能是浩然长叹。 不但闯王的军队并不是想象中的王者之师，等真正见到权将军刘宗敏时更是生了大麻烦，刘宗敏先不满足于只分到了几名宫女，而袁承志却拥有了美丽的阿九公主，加之袁承志惩治了他的部下，更是恼火，于是非要抢夺阿九。他本以为只要一声令下，袁承志小小的果毅将军还不马上献上公主，不想袁承志根本不买账。刘宗敏恼羞成怒，于是派兵去抢。袁承志虽然人马少，但是个个武功高强，刘宗敏无法得逞，双方僵持不下。
最终经过李岩的努力，还是闯王出面，才暂时平息了二人的争斗。 山宗旧部如孙仲寿等人恳请闯王，此时还不是庆功的时候，关外的满清仍在虎视眈眈，不可掉以轻心，但此时的闯王已经过度膨胀，完全听不进去，反而将众人斥退。孙仲寿连连叹息…其实这是上梁不正下梁歪，李岩和袁承志就曾听说闯王自己抢了吴三桂的爱妾陈圆圆，刘宗敏有此举也不奇怪。 阿九之事虽然平息，但是袁承志的后院却起火了，青青认为袁承志此举完全是为了阿九与刘宗敏争风吃醋甚至是大打出手，和袁承志大吵了一架。
而此时的袁承志，已经悲哀地发现闯军变质了，其军纪似乎比明军好不到哪里……心情郁闷之下，反而斥责了青青在国家剧变的时候居然还为这等儿女情长的小事烦他，青青从来没见过袁承志这样疾言厉色地对待自己，更认为袁承志是为阿九才如此，大哭而去…… 但是袁承志已经无法去安抚青青了，他和李岩跑到皇宫门前求见闯王，希望闯王能够整肃军纪。但是闯王却在元龙高卧，根本不见。袁承志和李岩在宫外足足等了一夜，最终还是无奈而返。难道改朝换代之后换来的就是这些吗?两人在巷子口遇到了一个唱曲的盲人，他唱的曲子竟一直在袁承志心头回荡——昨日的万里长城，今日的一缕英魂…
碧血剑第28集剧情介绍原来这盲人正是当年袁崇焕的忠仆，他当年偷偷收葬了袁崇焕的遗骸，然后就守卫在袁崇焕的墓旁，当得知督师公子是闯军中的金蛇营王时，畲仆主动出山，来寻找袁承志…… 袁承志和李岩在畲仆的带领下，前往崇文区的袁崇焕之墓扫墓。在父亲的墓地前，畲仆讲述了袁督师临终前的情形，并给袁承志看了父亲的绝笔诗。袁承志放声大哭，为父亲，为自己，也为天下。
李岩却以袁督师为榜样，学习其知其不可为而为之的胆气，随万千人吾往矣的刚勇，为天下黎庶赴死的决心。 另外，五毒齐云璈与何红药争夺教主之位失败，重新投入何铁手的门墙，行三刀六洞大礼，最后死于何红药的暗算，临死前以小金蛇反击，令何红药断手。 此时穆人清率一众华山弟子来到北京。
一是命令华山弟子功成身退，不可在新朝大顺朝内任职，同时将掌门一职传给大弟子黄真。而玉真子耻于数败于袁承志之手，从皇宫中得到一柄削铁如泥的宝剑，于是决定单剑独挑华山派，木桑拦阻玉真子，但玉真子已经找到掌门铁剑，木桑无奈拜倒，几乎丧命在玉真子掌下，幸亏阿九舍命相救。阿九的舍命相救其实是变相的自杀。木桑十分感动，但是也看出了阿九的心病…… 袁承志及时赶到，大战玉真子。两人决战紫禁之巅。玉真子的宝剑和袁承志的金蛇剑足以匹敌，双方不相上下。最后袁承志在搏斗中成功地悟出金蛇剑的奥秘，杀死玉真子。华山派重立掌门，黄真接位，何铁手也入了华山派门墙。
袁承志将自己心中的愤懑向师傅禀告，但是师傅也无法给出他一个明确的答案，袁承志意识到，就算自己是武功天下第一，但是仍有许多许多事情是你无法控制的…… 袁承志仍然看到许多闯军变质的恶行而郁闷彷徨，而青青却以为袁承志是为了阿九的缘故心猿意马，禁不住悲从中来，于是留下一张字条“即有金枝玉叶，何必平常百姓”负气出走，袁承志看着字条怔怔地难过…
